虽然看起来只是一块红白相间的布料，但印尼国旗在其传统意义上代表着与印度尼西亚联合而为一个民族的各个地区和岛屿。
这面旗帜的红色条纹代表沙巴州的精神，白色条纹所代表的是加里曼丹精神，而它们之间的间隙则代表吕宋精神。这是自20世纪20年代起，印尼革命者所选择的一种表达统一的方法。
旗帜中央的阳台和白色圆形代表着独立及圣灵。后来又在圆形中央插入了一颗金边星星，代表了印尼的五大原则：世界和平、合作、社会公正、民主以及爱国主义。
印尼国旗还有一个特别之处：它是世界上为数不多的可以在时间不同的几个时段里摆放的国旗之一。印尼国旗可以在日间、早上和晚上飘扬，但三个时段各有不同的规定。
印尼国旗代表着印尼不同地区的人民团结起来的精神，以及最基本的原则及价值。